Pendidikan Madrasah Istiqlal bertujuan membantu program pemerintah dalam mewujudkan tujuan pendidikan nasional yaitu mengembangkan potensi peserta didik agar menjadi manusia beriman, bertakwa, berakhlak mulia, sehat, cerdas, berilmu, cakap, kreatif, mandiri, demokratis dan bertanggung jawab