MTs Istiqlal Jakarta merupakan madrasah riset dan madrasah yang menerapkan Cambridge Assessment International Education. MTs Istiqlal Jakarta selalu berkomitmen mewujudkan lulusan yang berkarakter melalui keteladanan, habitual activity, dan character building. Proses pendidikan menjadi upaya penting agar peserta didik mampu mencapai kemampuan abad 21, yaitu Critical and Creative Thinking, Communication, dan Collaboration yang diterapkan dalam Project Based Learning, Exhibition, Asesmen Kompetensi Program Unggulan, dan Riset Tugas Akhir. Pengembangan minat bakat peserta didik dilakukan secara kontinu dalam kegiatan kelas khusus dan ekstrakurikuler yang didasarkan pada hasil Multiple Intelligence Research (MIR). MTs Istiqlal Jakarta terus melakukan inovasi dan peningkatan mutu dengan beragam kegiatan yang dilakukan. Hal ini membuat kepercayaan masyarakat meningkat sehingga MTs Istiqlal Jakarta menjadi salah satu pilihan masyarakat.